System NCTS wspiera obsługę tranzytu w sprawach takich, jak:

• otwarcie operacji tranzytu i nadanie numeru MRN;
• zwolnienie towarów do tranzytu;
• przekraczanie granicy w urzędzie tranzytowym - deklarowany urząd tranzytowy będzie dysponował informacjami o tranzycie już w momencie przedstawienia towarów na granicy dzięki przypisaniu sprawom numerów MRN i przekazywaniu komunikatów między urzędami;
• zakończenie operacji tranzytowej w urzędzie przeznaczenia - w deklarowanym urzędzie przeznaczenia informacje o tranzycie są dostępne zanim towary zostaną przedstawione w tym urzędzie;
• zwolnienie zabezpieczenia w urzędzie wyjścia po zakończeniu operacji tranzytowej - urząd wyjścia będzie informowany za pośrednictwem systemu o wynikach kontroli i zamknięciu operacji tranzytu. Informacje te zostaną także zakomunikowane za pośrednictwem systemu NCTS podmiotowi przeprowadzającemu operację tranzytu;
• automatyczne kontynuowanie operacji - podmiot prowadzący operację tranzytu korzysta z tzw. timerów, co oznacza, że w przypadku, gdy po czasie uzgodnionym z administracją celną nie nastąpi działanie ze strony urzędu, proces jest konturowany automatycznie.