Obowiązek zgłaszania operacji tranzytowych do systemu NCTS mają podmioty (nadawcy i odbiorcy), które korzystają z procedury uproszczonej przy otwieraniu i kończeniu procedury WPT.
Z systemu NCTS będą mogły korzystać wszystkie podmioty gospodarcze, którzy prowadzą operacje tranzytu aktualnie przyjmowane na dokumencie SAD i spełniają odpowiednie warunki techniczne, tj. korzystają z oprogramowania umożliwiającego komunikację z interfejsem celnym.