1. Otwarcie tranzytu

Podmiot zgłaszający rozpoczęcie operacji tranzytu może złożyć zgłoszenie w formie papierowego dokumentu SAD lub w formie elektronicznej poprzez wysłanie zgłoszenia w formacie XML przez stronę WWW lub pocztą elektroniczną do systemu NCTS. Zgłoszenie elektroniczne po udanej walidacji (sprawdzeniu poprawności komunikatu) jest przyjmowane przez system i otrzymuje numer ewidencyjny operacji tranzytowej czyli MRN. W zwykłej procedurze towary muszą być przedstawione w urzędzie wyjścia, natomiast w procedurze uproszczonej towary znajdują się w siedzibie nadawcy. Zgłoszenie następnie jest weryfikowane, analizowane pod względem ryzyka, sprawdzane jest zabezpieczenie.

Pozytywna weryfikacja skutkuje zwolnieniem towarów do tranzytu:

• podmiot prowadzący operację tranzytu otrzymuje za pośrednictwem systemu NCTS komunikat o zwolnieniu
• drukowany jest Tranzytowy Dokument Towarzyszący (dokument ten zastępuje karty 4,5 SAD) z zakodowanym (kod paskowy) MRN. Wydruk następuje w urzędzie wyjścia (zwykła procedura) lub w siedzibie upoważnionego nadawcy (procedura uproszczona)
• deklarowany urząd przeznaczenia otrzymuje komunikat wyprzedzający o towarach i tranzycie
• rozpoczyna się transport towarów wraz z TDT (Tranzytowym Dokumentem Towarzyszącym)

2. Przewóz towarów przez granicę

Deklarowany urząd tranzytowy na podstawie komunikatów wyprzedzających o towarach i tranzycie oraz na podstawie TDT i MRN identyfikuje operację tranzytu. Jeśli w trakcie transportu zostanie zmieniona trasa i rzeczywisty urząd tranzytowy będzie innym urzędem niż zadeklarowany, to rzeczywisty urząd tranzytowy wystąpi do urzędu wyjścia o przesłanie komunikatu o tranzycie - sprawa będzie identyfikowana na podstawie MRN.

Urząd celny tranzytowy wydaje decyzje o:

• dalszym tranzycie - decyzja jest przesyłana do urzędu wyjścia,
• zakończeniu tranzytu - sprawa jest przejmowana przez urząd tranzytowy, który staje się urzędem przeznaczenia,
• zawróceniem tranzytu do deklarowanego urzędu tranzytowego, jeśli trasa przewozu była wiążąca.

3. Zakończenie tranzytu

Procedura zwykła

Operacja tranzytu identyfikowany jest przez urząd przeznaczenia na podstawie MRN. Jeśli doszło do międzynarodowej zmiany urzędu przeznaczenia, rzeczywisty urząd przeznaczenia prosi urząd wyjścia o komunikat wyprzedzający o przybyciu towarów. Urząd przeznaczenia podejmuje decyzje o kontroli a jej wyniki są rejestrowane w systemie i przesłane komunikatem do urzędu wyjścia.

Procedura uproszczona

• Operacja tranzytu jest identyfikowana na podstawie MRN przez upoważnionego odbiorcę. Odbiorca przesyła komunikat o przybyciu towarów.
• Urząd przeznaczenia zezwala na rozładunek towarów przesyłając komunikat elektroniczny, zezwolenie może być także automatyczne - po upływie ustalonego czasu i braku reakcji ze strony urzędu.
• Odbiorca przesyła komunikat elektroniczny o uwagach rozładunkowych do urzędu przeznaczenia.
• Urząd przeznaczenia informuje odbiorcę o zwolnieniu towarów lub przeprowadza kontrolę, której wyniki są przesyłane za pośrednictwem systemu do urzędu wyjścia.

4. Zamknięcie tranzytu

Urząd wyjścia na podstawie komunikatu elektronicznego z urzędu przeznaczenia zamyka operację tranzytu i zwalania zabezpieczenie. W przypadku negatywnych wyników kontroli urząd wyjścia przeprowadza postępowanie w celu wyegzekwowania zapłaty lub zabezpieczenia długu celnego.